GnuCash 利用のポイントは、クレジットカードと預金、現金の経理方針をどうするかにあります。
理想は、カードでの買い物のつど (借)費用 (貸)クレジットカード を入力すべきですが、これだと CSV インポート機能が生かせません。
そこで、カード払いについては、引落額が確定した時点でインポートを行います。カード勘定の月末残高が、翌月の引き落とし額になっていれば OK です。
オートチャージ時には、(借)SUICA (貸)二重仕訳 とし、カードのインポート時に (借)二重仕訳 (貸)クレジットカード とすれば、日々カード勘定の残高を動かさずに済み、分かりやすいです。
預金から現金を引き出したときは、(借)現金 (貸)預金 の仕訳を入力します。預金の CSV をインポートする際、日付と金額が一致するこの仕訳を GnuCash が自動で検出して、二重仕訳にならないように処理してくれるからです。