非課税売上
信用金庫の持分は、「有価証券に類するもの」なので、譲渡すると、非課税売上になります。以下理由です。
「有価証券その他これに類するもの」の譲渡は、非課税売上です。（消法6条、別表第一2号）
「有価証券その他これに類するもの」は、一語ではなくて、（株券のある）「有価証券」と「有価証券に類するもの」に分かれます。
「有価証券に類するもの」は、さらに次の4つに分かれます。（消令9条）
- 株券のない有価証券（1号）
- 合名会社・合資会社・合同会社・協同組合等の持分（2号）
- 株主・投資主となる権利（3号）
- 金銭債権（4号）
信用金庫は、2号の協同組合等に含まれる（法法別表第三）ため、その持分の譲渡は、非課税売上になるわけです。
非課税でも「有価証券譲渡」ではない
問題はここからです。会計ソフトの入力上、普通の非課税売上（全額分母）と、有価証券の譲渡（5％分母）は区別しなければなりません。
有価証券譲渡になるのは、次のものの譲渡だけです。（消令48条5号）
- 株券のある有価証券（別表第一2号）＝「有価証券」
- 株券のない有価証券（消令9条1号）＝以下、「有価証券に類するもの」
- 株主・投資主となる権利（同3号）
- 金銭債権（同4号）
何かが足りませんね。「類するもの」が3つしかない。そう、協同組合等の持分（消令9条2号）だけがないのです。したがって、信用金庫の出資金（持分）を譲渡した場合は、ただの非課税売上（全額分母）になります。
協同組合等の持分だけが除外されているのは、取引頻度が低く、金額が小さいからとされています。理由が分かれば、憶えられますね。（高山弥生『消費税＆インボイスがざっくりわかる本』税務研究会2022、p.91）
信用金庫の出資持分の譲渡があったとき、間違って課税区分を「有価証券譲渡」で入力したら、納める消費税が少なくなってしまいます。有価証券っぽいから「有価証券譲渡」と思い込んでいると、足をすくわれます。