インボイス制度と、電子帳簿保存法の共通点は、特例がてんこもりであるところです。
「こんなにたくさん特例がある！ 大変だ！」と思うのは、ちょっと違います。
たくさん特例があるのは、基本的には「いままでどおり、きちんと経理をやっている人」を救うためです。
もちろん、制度対応の準備はするんですよ。
ただ、法律は厳しめに書かれているので、そのとおりにやったつもりでも漏れが出る。それについては「この特例でOK」と救済されることが多くなるはずです。
なるべく原則どおりにやろうとすればするほど、救済（ダメージ減）の効果も高くなります。
インボイスの特例も、今回からのまったく新しい特例ではなくて、前からあったものの最新バージョンであるものも多いです。従来の実務がぜんぶ間違いだったというわけではありません。
法律が前面に出てくるのは、一般社会と同様、ケンカになったときです。
インボイス制度の趣旨（登録番号がある仕入先に支払えば、仕入先が納税してくれるので、自分が納税しなくて済む）に反していなければ、まずはオーケー。
6年間限定の経過措置がある期間中は、移行期間です。この数年間のうちに、できることを増やしつつ、徐々に慣れていきましょう。