決算で、確定消費税を未払消費税等に計上し、仮払消費税等と仮受消費税等とを相殺して、なお残る差額を、雑損失または雑収入とするわけですが、この差額が大きい場合、次の原因が考えられます。
- 自動税抜処理をせず、請求書の消費税額をそのまま税額欄に入力した
- 自動税抜処理をせずに手入力した消費税額が、税抜金額×税率と一致していない
- 勘定科目を「仮払消費税等」「仮受消費税等」で入力した
- 課税売上割合が低いため、控除対象外消費税額等が多く発生している
- 非課税対応の仕入れ（非のみ）がある
- 棚卸資産の調整など、消費税法上の控除税額の加算・減算があった
- 課税標準額に対する消費税額の計算の特例を使っているのに、税務ソフトでの確定消費税の計算上、考慮していない
1.と2.は、税込または税抜金額からExcelで税額を求めて、当初入力の税額との差額を出せば発見できます。7.は差額があって正しいです（インボイス制度が始まるまでの制度）。
参考…特殊な理由がなくても出る消費税差額については、「全額控除の消費税差額」で原因を突き止めています。