給与の支払いみたいな複雑な仕訳を修正するのって、どうしてます？
給与明細一覧表の誤ったものと正しいものとの差額で仕訳を切る？ これはおすすめしません。差額って、どの資料にもない数字なので、突合に不便なんですよね。
また、通勤手当が課税仕入れなので、端数処理を1回だけにしたければ、一人の計算が誤っていただけでも、総額で誤った通勤手当の総額を取り消して、正しい総額を計上しなおすしかありません。
不課税の給料手当とかは差額でも消費税上問題ないですが、突合先がないので、総額のほうがいいですね。何を修正した仕訳なのか、あとで分かるようにするために。
あとは、修正仕訳ではないですが、振込手数料が仕入れ先負担で、こっちが差し引いて振り込んだとき、通帳に振込手数料が出てくるのを、あえて660円と分けて入力するかどうか。通帳の金額と仕訳帳の金額を一致させるか、仕訳数を減らすか。これは趣味の問題だとは思います。